En el interior de este recinto, que data de 1254, se encuentran las cenizas de Fray Luis de León, de quién hay también una estatua frente a la fachada principal, donde por cierto, tendrás que encontrar la famosa Rana, dice la leyenda que si la ves, apruebas tus exámenes.
En el piso superior, tras una reja renacentista, se encuentra la espléndida biblioteca que alberga en sus estanterías barrocas importantes manuscritos e incunables del S.XI al XIV y unos 40.000 libros editados entre el S. XVI al XVIII. Tras las puertas de este edificio, hay un zaguán ó vestíbulo y un corto pasillo, ambos de techumbre góticas que nos lleva al claustro de dos pisos siendo original sólo el lado occidental, y los otros remodelados en 1.879. Las aulas que se distribuyen en torno a él llevan el nombre de algunas personas insignes que pasaron por esta universidad.
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